Thực hiện chỉ đạo của Ủy ban nhân dân thành phố tại văn bản số 5916/UBND-CNN ngày 15 tháng 11 năm 2012. Ngày 03 tháng 01 năm 2013, Thanh tra thành phố đã công bố Quyết định thanh tra số 304/QĐ-TTTP-P2 ngày 25 tháng 12 năm 2012 của Chánh thanh tra thành phố về thành lập đoàn thanh tra toàn diện Công ty Cổ phần Vận tải biển Sài Gòn, bao gồm các hoạt động về đầu tư, mua sắm tài sản, thanh lý, chuyển nhượng tài sản cố định và hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty. Ông Phạm Lâm Hồng Chuyên, Phó Trưởng phòng thanh tra, giải quyết, khiếu nại tố cáo số 2 (Phòng 2) được phân công làm trưởng đoàn thanh tra cùng các thành viên đoàn thanh tra tiến hành thanh tra với thời hạn thanh tra là 45 ngày làm việc, kể từ ngày công bố quyết định thanh tra.
Đối tượng thanh tra: Công ty Cổ phần Vận tải biển Sài Gòn và các đơn vị, cá nhân có liên quan.
Thời kỳ thanh tra: từ ngày 01/01/2009 đến ngày 31/12/2011, các vụ việc phát sinh có liên quan ngoài thời kỳ thanh tra nếu xét thấy cần thiết vẫn thanh tra để có cơ sở kết luận.
PX Bảo